ATLASea fait partie des lauréats des PEPR (Projets et Équipements Prioritaires de Recherche) exploratoires, qui visent des secteurs scientifiques ou technologiques en émergence pour lesquels l’État souhaite identifier et structurer ces communautés. Co-piloté par le CNRS et le CEA, le programme a comme objectif de séquencer le génome de 4 500 espèces marines avec une forte couverture des espèces de métropole mais en incluant aussi des espèces des territoires ultramarins. Les espèces choisies seront échantillonnées par le Projet Ciblé DIVE-Sea. Les échantillons seront confiés aux équipes du Projet Ciblé SEQ-Sea pour produire des assemblages de génome associés à des annotations structurales de haute qualité. Le projet ciblé BYTE-Sea s’appliquera à centraliser toutes les données de génomiques produites par le projet ATLASea dans un seul portail et à intégrer les génomes d'organismes connexes séquencés par d'autres consortia.
Le programme ATLASea déchiffrera et exploitera la mine colossale d'informations issues d’espèces marines du littoral Français. Il permettra de garantir l'interopérabilité et la sécurité des données, et de faciliter leur diffusion et leur utilisation conformément aux principes FAIR et Open Science. Financé à hauteur de 41,3 millions d’euros sur 8 ans dans le cadre de France 2030, il permettra entre autres de comprendre, de protéger et d’étudier l’ensemble des formes du vivant dans toute leur diversité.